Његова дела су у великом описивала његов живот. Препуна занимљивости, интрига, новитета и својеврсне борбе за високе моралне вредности, његова дела су препозната код нас и свету као једна од најзначајних дела 20. веку.
Од 1958. године до 1964. ради као драматург и сценариста на филму и постаје аутор многих. Године 1958. добија прву награду за оригинални сценарио, на конкурсу „Ловћен филма“ за радове „Губавац“ и „Одавде до Арарата“ као потпуно анониман аутор. У том периоду такође почиње да објављује текстове у листовима попут „Време“ и „Видици“. Његова прва објављена прича „Исус Карењин“ најављује његов први роман. Од наредне године, за ову кућу ради као драматург и сценариста.
Написао је сценарио за филм „Дан четрнаести“ 1960. године, који је званично представљао југословенску кинематографију на Канском фестивалу 1961. године. Као сценариста и косценариста, до 1989. године потписује седам југословенских филмова, иако је далеко већи број филмова где је дао свој допринос. Наслови његових филмских остварења су следећи: „Дан четрнаести“, „Не дирај у срећу“, „Свему има вријеме“, „Дим“, „Quo vadlis Živorade“, „Сунце туђег неба“, „13.јул“, „Време чуда“, „That summer of white rosses – Ђавољи рај“ и многи други.
Свој први роман „Време чуда“ објављује 1965. године. Већ овим романом изазива велико интересовање код читаоца и стиче прве обожаваоце и верне читаоце. Роман говори о чудима која су окренута против човека. У овом роману су истакнути библијски мотиви Исусових чуда која су изокренута кроз хумор али и дубоку емпатију за људску патњу и судбину. Кроз ово дело, Пекић је исказао догме, доктрине и идеологије у свој њиховој искључивости и показао како из наметнутог добра произилази велика невоља. Кроз далеку прошлост, Пекић приказује апсурд садашњости.
Након овог романа, Пекић се посвећује искључиво писању кроз прозу, позоришне, телевизијске и радио драме. Постаје члан уредништва многих часописа, новина и дневних листова.
Други роман „Ходочашће Арсенија Његована“ бива објављен 1970. године од стране „Просвете“ за који добија Нинову награду за најбољи роман године. Овај роман је проглашен као аутентични споменик Београда и српске грађанске класе 20.века. Исте године, 1970. Пекић одлази у Лондон са својом породицом. Управо у том периоду, објављивање његових дела је било забрањено у Југославији јер се сматрао непожељном особом.
Пекићев следећи роман „Успење и суноврат Икара Губелкијана“ објављен је тек 1975. године у Југославији, иако је написан раније. Проблем је био пронаћи издавача у Југославији који би се усудио на такав корак, с обзиром на однос државе према Пекићу. Овај роман је објављен у издаљу „Слова љубве“ из Београда.
Године 1977. из Лондона шаље рукопис сотије „Како успокојити вампира“ на анонимни књижевни конкурс Удружених издавача Југославије. Удружење препознаје овај роман као најбољи роман године и објављује га. Дело је проткано Пекићевим искуством из затвора и нуди поглед на методе, логику и психологију модерних тоталитарних режима. У овом делу се поставља питање да ли постоје велике идеје због којих треба убијати. Покреће се питање личне и колективне кривице, као и односа према „историјској истини“. Управо је та истина вампир кога је Пекић желео да успокоји.
Након овог дела, излази кратки роман „Одбрана и последњи дани“ 1977. године. Наредне године, 1978. излази његово капитално дело, сага-фантазмагорија „Златно руно“, која се потом објављује у седам томова до 1986. године. Управо је за то дело, Пекић 1987. године добио Његошеву награду. Овај роман је ушао у избор десет најбољих дела српске књижевности од 1982. до 1992. године. Овим делом је Пекић сврстан у једне од најзначајних српских књижевника 20. века. Овај роман, иако описује једну породицу кроз различита времена и места, опире се устаљеној породичној типологији. Роман осликава балканску историју, успон грађанства и драму нације, препун имагинације и приповедачког мајсторства. Свакако, дело какво српска књижевност до тада није имала.
Следеће Пекићево дело је било заиста необично, чак и за њега. Заправо, ово дело је имало три наставка: „Беснило“ 1983.године, „Атлантида“ 1988. године и „1999“ 1984. године.
Пекићева дела „Беснило“, „Златно руно“ и „Године које су појели скакавци“ изабрана су од стране читаоца као најбољи романи у периоду од 1982. до 1991. године.
Дело „Године које су појели скакавци“ објављено је између 1987. и 1990. године. Укратко, ово дело представља Пекићеве успомене из затвора. Он је овде изнео сву трагедију личног искуства и обелоданио наличје комунистичког режима у Југославији непосредно после Другог светског рата. Ово заиста потресно сведочанство открива како се меља поглед на свет једног човека, који проживљава неку врсту паралелне стварности која открива све законе људске заједнице, онакве какви заиста јесу. За ово дело, Борислав Пекић је добио награду „Милош Црњански“.
Крајем 1984. године, Борислав Пекић добија „Награду удружења књижевника Србије“ за „Одабрана дела“ у 12 књига. Године 1986. добија посебну „Повељу“ од часописа „Књижевност“. „Нолит“ објављује 1988. године збирку готских прича „Нови Јерусалим“. Многобројне награде и признања су тек следиле.
Пекић је био и аутор око тридесет позоришних, радио и телевизијских драмских дела која су извођена и код нас и у иностранству. Такође, за свој допринос у овој области је носилац бројних награда и признања. Нека од најпознатијих су позоришни комад „Корешподенција“, „Генерали или сродство по оружију“ и многа друга. Сва његова дела су превођена на бројне светске језике.